El Tribunal Supremo ha confirmado que la comprobación de valores realizada únicamente en base a la remisión a unos coeficientes no es válida, sino que debe complementarse con una motivación que demuestre que ese es el valor real.

Cuando Hacienda pretende comprobar el valor que se ha asignado a un inmueble en una autoliquidación (por ejemplo, a efectos del Impuesto sobre Transmisiones Patrimoniales), puede utilizar, entre otros métodos, una estimación por referencia a los valores que figuren en otros registros oficiales de carácter fiscal. Este sistema se traduce, en la práctica, en la aplicación del valor catastral multiplicado por unos coeficientes multiplicadores.

Pues bien, respecto a la utilización de este método, el Tribunal Supremo ha establecido que su aplicación no es idónea si no se complementa con una comprobación directa por parte de Hacienda. En este sentido, el Tribunal recoge definitivamente los razonamientos que ya habían esgrimido algunos tribunales superiores de justicia:

La Administración puede utilizar los valores de referencia como punto de partida, pero debe justificar los pasos que, a partir de ahí, la llevan a fijar un determinado valor comprobado. ​Solo así queda suficientemente motivada la liquidación y se garantiza el derecho de los contribuyentes a conocerla en toda su extensión y a oponerse a ella si lo consideran oportuno.

La existencia de estos coeficientes no permite a la Administración invertir la carga de la prueba. No existe una «presunción reforzada» a favor de Hacienda que determine que el valor derivado de esos coeficientes es veraz y acertado. Por tanto, Hacienda debe probar en todo caso que el valor derivado de los coeficientes se corresponde con el valor real del inmueble transmitido.

Por tanto, si se aplica el método de coeficientes para rectificar el valor declarado por el contribuyente, la Administración igualmente está obligada a explicar las razones por las que, a su juicio, tal valor declarado no se corresponde con el valor real. Para justificar el inicio de la comprobación no basta con la mera discordancia con los valores derivados de multiplicar el valor catastral por unos coeficientes generales de ponderación.

El Tribunal también se plantea si, al oponerse a la comprobación de valores, el afectado queda obligado a instar la tasación pericial contradictoria o si, por el contrario, puede utilizar otro medio de prueba para desvirtuar el valor asignado por la Administración. Pues bien: la tasación pericial contradictoria es potestativa, de forma que el interesado puede oponerse a la valoración realizada por Hacienda con cualquier otro medio de prueba.

Dicha prueba será apreciada por el tribunal correspondiente según las circunstancias que concurran en cada caso.

Si el interesado se opone a la valoración administrativa alegando falta de motivación, podrá interponer un recurso y reservarse el derecho a promover una tasación pericial contradictoria para más adelante, cuando la resolución administrativa adquiera firmeza.